公元645年， 玄奘大师回到了中国长安，太宗皇帝当时正在东都洛阳宫，于是命令留守在长安的大臣房玄龄率官员迎接。当 玄奘大师沿漕河进入长安城时，朝廷和外地赶来的官员，以及无数的群众夹道欢迎，焚香散花，诵佛音声交织不断，连绵数十里路，盛况空前。
在接受众人欢欣鼓舞迎接的队伍之中，却唯独不见 玄奘大师一人。 玄奘大师心性清净，不受一切恭敬礼遇，此时他独坐静室，正在思惟如何让翻译经典的大业顺利开展。
玄奘大师回到大唐之后，奉诏在洛阳宫来和唐太宗相见。太宗很欣赏 玄奘大师的谈吐和智慧，他想要借重 玄奘大师的长才来辅佐国事，因此极力要 玄奘大师还俗。然而 玄奘大师的志愿是在译经以及弘扬大乘佛法，要来弭平中国佛法文化中一直存在的纷争，而无意当官，因此他就委婉推辞了。
玄奘法师向太宗提出要求，希望能够到嵩山少林寺去翻译经论，但是唐太宗想把他留在身边，所以就指定长安的弘福寺为译经的场所，并且以国家之力来支持 玄奘法师的译经事业。
唐太宗心胸广大志在天下，便请 玄奘大师将西行的见闻记载下来，因而有了 玄奘大师口述的《大唐西域记》流传后世。
《大唐西域记》它记录了7世纪西域到印度总共一百四十二个国家的风土与人情，也记载了大量的印度史料，对于里面所记载国家的地理、方位、距离、文化等等描述精确，令人叹为观止。直至今天有关于印度的考古仍然必须要以这一本书为蓝本。
玄奘大师在弘福寺夜以继日开展翻译佛法经论的大业，分秒都不浪费。当他译完一百卷的《瑜伽师地论》时，呈现给太宗，太宗细读后，发现这一部论意旨非常深远，真是闻所未闻，止不住地赞叹：“中国的儒家和道家所说的义理，如何能够与佛法争辉啊！” 玄奘大师奏请太宗为《瑜伽师地论》写序，于是太宗亲自书写了《大唐三藏圣教序》，并下令置放于每部经论之首。此后唐太宗对 玄奘大师更加信任，两人常常在一起谈论法义。有一日，太宗问 玄奘大师：“如何才能够得到最大的解脱功德呢？”“度人出家为僧，因为法要由人来弘传，只有佛法能令众生萌发智慧，不再愚迷。”太宗于是下诏开放民众出家，要求全国每一个寺院度五个人，弘福寺可以度五十人出家。当时剃度者共计一万八千五百多人，使得佛法更加兴盛了。
唐太宗晚年的时候，常常下诏要 玄奘法师来宫中陪他， 玄奘大师也为了要替太宗开晓佛法的正理，所以太宗因此就有了解脱法上面的一些证量，他对于生死不再犹豫跟彷徨。
此外太宗每到夏天时，都经常会去长安南郊的翠微宫去避暑休养，他也都会请 玄奘大师陪同前往。在贞观23年，太宗最后一次到翠微宫，当时五十岁的 玄奘大师都经常陪在太宗的身旁，终日论法，有如兄弟一般。
唐太宗往年曾经派遣使者礼请禅宗四祖道信法师入长安，但都遭到拒绝，最后一次只好作势威嚇：“道信法师如果不肯前来，就请他奉上项上人头。”其实太宗已事先吩咐使者，绝对不可伤害法师。因为道信法师依旧不为所动，太宗只好作罢，下令赐予紫衣。
玄奘大师很清楚，太宗一直想要证悟明心，如今太宗护持佛法大兴于世，功德十分广大，于是他在太宗捨报之前，在确定密意不会外泄的情形下，就对太宗略施机锋。因为太宗聪颖过人，又经常听闻 玄奘大师宣说六识虚妄，以及第八识的正理，因而在 玄奘大师的机锋下，亲证了第八识的所在。 玄奘大师又加以摄受和护念，太宗因此能够悟后不退。
唐太宗捨报之时，头枕在 玄奘大师的膝上，可见他对 玄奘大师的倾服与信任。太宗在死之前，发下了护法的宏愿：“愿我未来世继续以国王之身，护持法师您弘扬正法的无尽大愿，令如来妙法昌盛于中国。”
太宗驾崩之后，高宗嗣位。唐高宗还是太子之时，建立了大慈恩寺，完工后礼请 玄奘大师将译场移到大慈恩寺。高宗即位后，对父王所至心礼敬的 玄奘大师始终以父执辈恭敬礼遇。
玄奘大师他一生都不改从往世带过来的喜欢帮助别人道业的习气，所以只要有人能够努力地护持正法，又具备良好的心性，他就想要帮助对方证悟。然而皇后武则天安排了眼线在唐高宗的身边，使得 玄奘大师没有办法对高宗施展机锋。
当武后代理朝政之后，知道了有明心之法，她就对 玄奘大师暗示求悟，但是 玄奘大师却都藉词推托，武后也不清楚 玄奘大师是否真有明心，最后也只能作罢。不过武后不把大师视为反对她的政治势力，所以译经大业并没有受到影响。后来武后登上大位多年之后，知道南方有禅宗六祖慧能法师，于是四度遣使去求取明心之法，然而到最后依旧没有得逞。
玄奘大师在大慈恩寺专心致志全力译经，并在寺院为大众开演新译的经论，各州的听学僧都会过来听课，也藉此向 玄奘大师请益，无论多么难懂的义理，一经 玄奘大师开示后，都能豁然开朗，莫不欢喜。
在 玄奘大师西行取经之前，中国的佛法文化一直处在对第九识和真如的误解以及纷争之中，一直到 玄奘大师译出了《瑜伽师地论》，并且阐释了佛法的真实理，才终于解决了这个问题。
真谛三藏法师他不了解大乘佛法里面所说的“每位众生都有八个识”，所以他擅自的在第八识上面增加了第九个识，可是 佛陀教示弟子的典籍当中，第八识是万法出生的本源，就是如来藏、就是阿赖耶识，也就是未来佛地的无垢识，第八识是最终、最究竟的心体，并没有第九识的存在。
真谛法师主张有第九识无垢识，认为这是独立于第八识之外的心法，然而他所以为的第九无垢识，本体其实还是第八识如来藏，只是到成佛时第八识心体所含藏的前七识种子都已经究竟清净而不再变异了，就改称为无垢识。
玄奘大师举示了《瑜伽师地论》这部根本大论，证明 佛陀所开演的义理——每一个人只有八个识，绝不会多于八个识，从此楷定了大乘佛法八识论的正理。
玄奘法师其实在西行之前，就已经明白了第八识自体的种子是不受染熏的、是不变异的，所以成佛之性本来就是人人平等具足，而不是等到未来修行以后才能具有的，即使是一阐提断善根的人，也一样具有成佛之性，因此是现在常。可是第八识之中，前七识的种子是可以被熏习的，因此有它的变异性，得要历经长劫的修行，成佛的时候才不再变异，此时佛性的大用——成所作智才能够现前，就是当来而常，未来才能够真常。这就是成佛之前佛性非常也非断的正理。
一直存在于中国的“佛性是当来才常、还是现在就常”的诤论，因为 玄奘大师阐释了成佛的真实义理后，而予以弭平底定了，同时也一并厘清了真谛三藏增设第九识——与第八识分立的错误。由于先前中国翻译佛经的人，因受限于学养和证量，难免误会经论而导致翻译上的错误， 玄奘大师曾想禁止法师们演说之前旧译有错误的经论，但因受到法沖法师以犀利又巧妙的言语反对，最后只得作罢。
玄奘大师的弟子窥基后来在阐明念佛法门时，是用鸠摩罗什所译的《佛说阿弥陀经》，而不是用 玄奘大师的译本，由此可知 玄奘大师当初的本意，并不是要把旧译的经本全部都捨弃，而是希望不要再演述前人错译的经论，以免违背 佛意，误导众生。
玄奘大师认为中国学人应该要提升法义的论证和辩论的技巧，因此翻译了因明学的论著。
因明学的因，其中一个意涵就是原因，它阐述了为什么是如此，让别人能够明白自己所提出的观点、想法，这就是因明。佛法的论述，一定要说明为何如此的因由，才能够让众生了解而接受，所以它必须要使用到世间因明学的技巧，而这一点在印度佛教则是一个常态。
对译经场的助译僧来说，因明学是比较新颖的法，于是便有助译僧对因明学作了注解。
当时有位大臣叫吕才，他自认为见解过人，于是就随意造论，来评论译场助译僧对因明学的注解，而造成风波不断，最后高宗就请吕才来和 玄奘大师对谈。 玄奘大师才不过寥寥数语，就破了吕才的论点，让吕才哑口无言。从此以后朝中的大臣们都知道 玄奘大师的修证以及智慧深不可测，因此再也无人敢随意对译经的事兴发议论了。
玄奘大师每天进入译场后，除非奉诏否则不出，倾注全力译经。译场唯一真正的翻译者是 玄奘大师，其他人都是助译， 玄奘大师为了力求译文的准确，除了亲自口译，还帮助这群助译僧证悟明心，因为必须亲证如来藏生起般若慧后，才不至于误会经义而误译经论。
玄奘大师他会观察这一些助译的僧众们，有没有良好的心性，福德是否足够，证悟的因缘是不是已经成熟了，然后点拨那一些有因缘的助译僧，让他们能够亲证第八识如来藏，这样一来翻译的事业也才能加快，而且更加的正确。另一方面， 玄奘大师也知道，在未来中国千年的佛教文化道路上，他需要有更多实证的人，跟他一起来承担护法的大业，所以 玄奘一生度众可以说是不遗余力，努力地接引因缘成熟的人来实证第八识如来藏。
在译场寺院中，每天晚上都有一百多位与大善知识共住的弟子们挤满了两侧的厢房，把握这难得的法缘向 玄奘大师请法，这些弟子们多生多劫修行也难以了解的法义，经由 玄奘大师深入浅出的开演，于是豁然开朗。
玄奘大师眼光远大，也悲悯其他国土的众生，当时有位日本僧人道昭，渡海来到中国跟 玄奘大师学习佛法。 玄奘大师观察道昭过去生度化了很多众生，有良好的心性，而且 玄奘大师西行时，有一次断粮，道昭前身为沙门，给了他一个梨子吃，才有气力继续西行。 玄奘大师想要传他明心之法，让他带回日本弘扬，便说：“我有禅宗之法，您可以承继此法而传于东瀛。”道昭听了之后非常欢喜，就跟著修学，史料中所说道昭“早得悟解”，就是因为 玄奘大师私下教导他禅法，为他点拨明心的密意而让他开悟的。但道昭毕竟不是久劫修学者，悟后仍然不免生疑， 玄奘大师思及道昭还是不免执取表相，为了禅宗明心之法得以传承，于是便介绍他去参访当时已明心的慧满法师。道昭得到慧满法师的印可，并学习禅宗印心的重要经典《楞伽经》。道昭回国时， 玄奘大师赐给他许多经论、佛像以及 佛陀舍利，让他带回东瀛发扬佛法。
在 玄奘大师的年代，禅宗还未广传，译场又是在天子的脚下，而且后来武后更命令心腹藉著润色之名来译场监看，这时如果随意揭露译场有明心证悟之法，后果难以预料。因此门下的证悟弟子都被付嘱，绝对不可泄露有明心之法，于是世间大多不知有此事。而道昭法师远在日本，自然没有这个顾虑，于是日本的史料中，还留存著有关 玄奘大师证量的记载。
玄奘大师性喜寂静，不乐喧嚣，曾分别向太宗和高宗两位皇帝表明，属意到嵩山少林寺专心译经，同时修持更高的禅定，但是都没有得到应允，这对皇帝父子都捨不得他离开身边。
玄奘大师留在京城继续译经的大业，将如何随顺众生的因缘讲经，传授规矩轨范呢？又是在什么样的因缘下，完成了《成唯识论》这部钜论？又何以能支持后来南方兴起的禅宗，开启禅宗一花开五叶的局面呢？
一心清净谢荣禄 不预政事绝功名
胸怀大志入译场 一十九年开法藏
一寺百众齐问道 畅宣种智胜妙义
九识增见从此尽 佛性纷争自平息
点拨道昭化东瀛 晓谕群贤真见道
灯灯无尽立宗门 照破千古大乘师